Wie alle bariatrischen Verfahren wird RYGB laparoskopisch durchgeführt. Die Operation besteht aus zwei Teilen. Zunächst wird in dem mit der Speiseröhre verbundenen Teil des Magens ein kleinvolumiger Pouch angelegt. Dieser geformte Beutel nimmt ein Volumen von ungefähr 30-50 ml ein. Im Gegensatz zur Schlauchmagenentfernung wird der Rest des Magens nicht entfernt. Aber Essen kommt nicht in diesen Abschnitt.
Im zweiten Teil der Operation wird der Dünndarm durchtrennt und ein Ende mit dem neu gebildeten Magensack verbunden. Das andere Ende wird mit dem neuen Verdauungstrakt kombiniert, wodurch die Kontinuität des Pfads der Verdauungsenzyme der Galle der Bauchspeicheldrüse sichergestellt wird.